| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-92-o143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ofu-Mir-92-o141 Ofu-Mir-92-o142 Ofu-Mir-92-o144 Ofu-Mir-92-o145 Ofu-Mir-92-o146 Ofu-Mir-92-o147 Ofu-Mir-92-o148 Ofu-Mir-92-o149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. fusiformis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000007.1: 16094923-16094980 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o143) |
Mir-92-o146
CAIIXF020000007.1: 16092897-16092953 [-]
Mir-92-o145 CAIIXF020000007.1: 16093752-16093810 [-] Mir-92-o144 CAIIXF020000007.1: 16094086-16094141 [-] Mir-92-o143 CAIIXF020000007.1: 16094923-16094980 [-] Mir-92-o142 CAIIXF020000007.1: 16098734-16098792 [-] Mir-92-o141 CAIIXF020000007.1: 16102466-16102523 [-] |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUGAUGUCAUUCUACUGUUAUUUUUAACAGGUCGUGUCCGGUGCAAAUUUGUGUUAGCCAAUCAAAUUGCACUUGUCCCGGCCUGCUAACUAUGACAUAAUCAAUGCAUUGUGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUCUGAUGUCAUUCUAC--| UU A UGUCC A UGUUA UGUUAU UUA CAGGUCG GGUGCAA UUUG \ ACAGUA AAU GUCCGGC UCACGUU AAAC G ACAGUGUUACGUAACUAAU^ UC C CCUGU - UAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ofu-Mir-92-o143_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGUGUCCGGUGCAAAUUUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ofu-Mir-92-o143_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUGC -58
Get sequence
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