| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-279-o53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ofu-Mir-279-o54 Ofu-Mir-279-o55 Ofu-Mir-279-o56 Ofu-Mir-279-o57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. fusiformis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000005.1: 28262820-28262871 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o53) |
Mir-279-o57
CAIIXF020000005.1: 28262369-28262425 [+]
Mir-279-o53 CAIIXF020000005.1: 28262820-28262871 [+] Mir-279-o55 CAIIXF020000005.1: 28263348-28263402 [+] Mir-279-o54 CAIIXF020000005.1: 28263645-28263699 [+] |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAUUGUGAGGUACAUGCGAGAUGUGUUGAUGUGUGUAUGUCAAGUCCAUGUGUAGCUCAUGACUAGAUAUACACUCAUUAACAAGUCUUAAGCUGUCAACAAUGACCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAUUGUGAGGUACAUGC--| G U A C UGU GAGAU UGUUGAUG GUGUAUGUC AGUC AUG \ UUCUG ACAAUUAC CACAUAUAG UCAG UAC A AGUCCAGUAACAACUGUCGAA^ A U A - UCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of annelids thus these multiple paralogues are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ofu-Mir-279-o53_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGUGUGUAUGUCAAGUCCAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ofu-Mir-279-o53_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
31- UGACUAGAUAUACACUCAUUA -52
Get sequence
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