MirGeneDB ID | Mmu-Mir-199-P2-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-199a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v2 Mmu-Mir-199-P1-v3 Mmu-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v2 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v2 Mmu-Mir-199-P3-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Aca-Mir-199-P2-v2 Aca-Mir-199-P2-v3 Ami-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v2 Ami-Mir-199-P2-v3 Bta-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v2 Bta-Mir-199-P2-v3 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v2 Cfa-Mir-199-P2-v3 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v2 Cpi-Mir-199-P2-v3 Cpo-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v2 Cpo-Mir-199-P2-v3 Dre-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2-v2 Dre-Mir-199-P2-v3 Ete-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v2 Ete-Mir-199-P2-v3 Hsa-Mir-199-P2-v1 Hsa-Mir-199-P2-v2 Hsa-Mir-199-P2-v3 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mdo-Mir-199-P2-v2 Mdo-Mir-199-P2-v3 Mml-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v2 Mml-Mir-199-P2-v3 Ocu-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v2 Ocu-Mir-199-P2-v3 Sha-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v2 Sha-Mir-199-P2-v3 Xtr-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr9: 21496498-21496559 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered MiRNAs (< 10kb from Mir-199-P2-v3) |
Mir-199-P2-v1
chr9: 21496498-21496559 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P2-v2 chr9: 21496498-21496559 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P2-v3 chr9: 21496498-21496559 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGAGGAACUGAACAGCCAUCCCCGCCAUCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAGGCUGGGACAUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGGCCAGCAGCAACAGUGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGAGGAACUGAACAG- UC -| AUC U C UCAGGAGGC CCA CCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU \ GGU GGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA U GGGUGACAACGACGACCG UC U^ AUU C - UGUACAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-199-P2-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0000229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
microrna.org: MIMAT0000229 TargetScanVert: mmu-miR-199a-5p miRDB: MIMAT0000229 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-199-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0000230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
microrna.org: MIMAT0000230 TargetScanVert: mmu-miR-199a-3p miRDB: MIMAT0000230 |