| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-145 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-145a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-145 Ami-Mir-145 Bta-Mir-145 Cfa-Mir-145 Cja-Mir-145 Cli-Mir-145 Cmi-Mir-145 Cpi-Mir-145 Cpo-Mir-145 Dno-Mir-145 Dre-Mir-145 Ebu-Mir-145 Eca-Mir-145 Ete-Mir-145 Gga-Mir-145 Gja-Mir-145 Gmo-Mir-145 Hsa-Mir-145 Laf-Mir-145 Lch-Mir-145 Loc-Mir-145 Mal-Mir-145 Mdo-Mir-145 Mml-Mir-145 Mmr-Mir-145 Mun-Mir-145 Neu-Mir-145 Oan-Mir-145 Ocu-Mir-145 Pab-Mir-145 Pbv-Mir-145 Pma-Mir-145 Rno-Mir-145 Sha-Mir-145 Spt-Mir-145 Sto-Mir-145 Tgu-Mir-145 Xla-Mir-145-P1 Xla-Mir-145-P2 Xtr-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr18: 61647829-61647888 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-145) |
Mir-145
chr18: 61647829-61647888 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-143 chr18: 61649199-61649253 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCCAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCUCUCUCUCUCCCACCUUGUCCUCACGGUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUUGGAUGCUAAGAUGGGGAUUCCUGGAAAUACUGUUCUUGAGGUCAUGGCUUAGCAGCUGGAUCUGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCUCUCUCUCUCCCA--| U U C UC U C UGGAUG CC UG CCUCA GG CAGU UU CCAGGAAUCCCU \ GG AC GGAGU UC GUCA AA GGUCCUUAGGGG C CUGUCUAGGUCGACGAUUC^ U U - UU U A UAGAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -2 on both arms. Although there is a templated T at the 3' end of the 3p arm, this transcript is annotated as a Group 2 miRNA given the CAGE data in human and the 5' starting cut of 3' offset reads in various vertebrate taxa. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-145_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000157 TargetScanVert: mmu-miR-145a-5p miRDB: MIMAT0000157 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-145_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GGAUUCCUGGAAAUACUGUUCU -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004534 TargetScanVert: mmu-miR-145a-3p miRDB: MIMAT0004534 |
