| MirGeneDB ID | Mal-Mir-137-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-137 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-137-P1b-v1 Mal-Mir-137-P3a-v1 Mal-Mir-137-P3b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-137-P3-v1 Aga-Mir-137 Agr-Mir-137 Ami-Mir-137-P3-v1 Asu-Mir-137 Ava-Mir-137 Bfl-Mir-137 Bko-Mir-137 Bpl-Mir-137 Cbr-Mir-137 Cel-Mir-137 Cli-Mir-137-P3 Cpi-Mir-137-P3-v1 Cte-Mir-137 Dan-Mir-137 Dgr-Mir-137 Dma-Mir-137 Dme-Mir-137 Dmo-Mir-137 Dpu-Mir-137 Dsi-Mir-137 Dya-Mir-137 Eba-Mir-137 Ebu-Mir-137 Esc-Mir-137 Gga-Mir-137-P3-v1 Gja-Mir-137-P3 Gmo-Mir-137-P3b-v1 Gpa-Mir-137 Hme-Mir-137 Hru-Mir-137 Isc-Mir-137 Lan-Mir-137 Lch-Mir-137-P3 Lgi-Mir-137 Lhy-Mir-137 Llo-Mir-137 Loc-Mir-137-P3-v1 Mdo-Mir-137-P3-v1 Mgi-Mir-137 Mom-Mir-137 Mun-Mir-137-P3 Neu-Mir-137-P3 Oan-Mir-137-P3-v1 Obi-Mir-137 Ofu-Mir-137 Pau-Mir-137 Pbv-Mir-137-P3-v1 Pca-Mir-137 Pdu-Mir-137 Pma-Mir-137-o3 Pve-Mir-137 Rph-Mir-137 Sha-Mir-137-P3 Sko-Mir-137 Snu-Mir-137 Spu-Mir-137 Tni-Mir-137-P3b Tur-Mir-137 War-Mir-137 Xbo-Mir-137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884720.1: 635728-635787 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-137-P3b-v2) |
Mir-137-P3b-v2
KV884720.1: 635728-635787 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-137-P3b-v1 KV884720.1: 635729-635787 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mal-Mir-137-P3b-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGGUGGGCCUCUUUGCUCCGGUCUCGACCACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAUACAGAUGUGGAUGUUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGUCGAGUGGAAGCUUUAUCAUCUACUGUGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGGUGGGCCUCUUUGC---| GU C G UG -- AUACAG UCCG CUCGAC ACG GUAUUCU GGU UGAUA \ AGGU GAGCUG UGC CAUAAGA UCG AUUGU A AGGUGUCAUCUACUAUUUCGA^ -- A G GU UU AGGUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-137-P3b-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-137-P3b-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUGCUUGAGAAUACGCGUAG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mal-Mir-137-P3b-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGUGGGCCUCUUUGCUCCGGUCUCGACCACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAUACAGAUGUGGAUGUUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGUCGAGUGGAAGCUUUAUCAUCUACUGUGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGUGGGCCUCUUUGC----| GU C G UG U ACAGA UCCG CUCGAC ACG GUAUUCU GGU GAUAAU U AGGU GAGCUG UGC CAUAAGA UCG UUAUUG G AGGUGUCAUCUACUAUUUCGA^ -- A G GU - UAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-137-P3b-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-137-P3b-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAG -59
Get sequence
|
