| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-275-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-275 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-275-P3 Lpo-Mir-275-P4-v1 Lpo-Mir-275-P5 Lpo-Mir-275-P6 Lpo-Mir-275-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-275 Aga-Mir-275 Bge-Mir-275 Csc-Mir-275 Dan-Mir-275 Dlo-Mir-275 Dma-Mir-275 Dme-Mir-275 Dmo-Mir-275 Dpu-Mir-275 Dsi-Mir-275 Dya-Mir-275 Gpa-Mir-275 Hme-Mir-275 Isc-Mir-275 Tca-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013667589.1: 119392-119449 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-275-P4-v2) |
Mir-275-P4-v1
NW_013667589.1: 119389-119451 [+]
Ensembl
Mir-275-P4-v2 NW_013667589.1: 119392-119449 [+] Ensembl Mir-305-P4 NW_013667589.1: 122666-122725 [+] Ensembl |
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| Variant | Lpo-Mir-275-P4-v2 |
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| Seed | GCUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCACCAGUUUCUGCCCAGUCGAUUCUCACGUGCUGCAUCAGGUGCUUGUGACUGUGCAUUAUAAAGUCAGGUACCUAAAGUAGCGCGCGGAGGAUUAUGGGUAAUGUCUUCUUGAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCACCAGUUUCUGCCCAGUC-- A-| AUC UG GUGCA GAUUCUC CGUGCUGC AGGUGCU UGACU \ UUAGGAG GCGCGAUG UCCAUGG ACUGA U CAAAGUUCUUCUGUAAUGGGUA GC^ AAA -- AAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-275-P4-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGCAUCAGGUGCUUGUGACU -23
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-275-P4-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCAGGUACCUAAAGUAGCGCGC -58
Get sequence
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| Variant | Lpo-Mir-275-P4-v1 |
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| Seed | CGUGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUCACCAGUUUCUGCCCAGUCGAUUCUCACGUGCUGCAUCAGGUGCUUGUGACUGUGCAUUAUAAAGUCAGGUACCUAAAGUAGCGCGCGGAGGAUUAUGGGUAAUGUCUUCUUGAAACGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUCACCAGUUUCUGC---| GUC A- AUC UG UGUGCA CCA GAUUCUC CGUGCUGC AGGUGCU UGAC \ GGU UUAGGAG GCGCGAUG UCCAUGG ACUG U GGCAAAGUUCUUCUGUAAUG^ A-- GC AAA -- AAAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-275-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGUGCUGCAUCAGGUGCUUGUGAC -25
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-275-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGGUACCUAAAGUAGCGCGCGG -63
Get sequence
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