MirGeneDB ID | Gpa-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-275 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-275 Aga-Mir-275 Bge-Mir-275 Csc-Mir-275 Dan-Mir-275 Dlo-Mir-275 Dma-Mir-275 Dme-Mir-275 Dmo-Mir-275 Dpu-Mir-275 Dsi-Mir-275 Dya-Mir-275 Hme-Mir-275 Isc-Mir-275 Lpo-Mir-275-P3 Lpo-Mir-275-P4-v1 Lpo-Mir-275-P5 Lpo-Mir-275-P6 Lpo-Mir-275-P7 Tca-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GpalI1) |
Scaffold315: 241102-241168 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-275) |
Mir-275
Scaffold315: 241102-241168 [+]
Ensembl
Mir-305 Scaffold315: 241261-241320 [+] Ensembl |
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Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUUUCUUCAGUUUAGUCUAGCACUCUGCGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCUGUGAAUUGUAUAAAACCCAAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGAAGUCUUAGGCACCGACAACAUGCAAGAUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUUUUCUUCAGUUUA-- C C A-| UG GG GUGAAUUGU GUCUAG ACU UGCGCGCUA UCAG ACC GGCU \ CGGAUU UGA GCGCGCGAU AGUC UGG CUGA A AUAGAACGUACAACAGCCA C A GA^ CA A- ACCCAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gpa-Mir-275_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGCGCUAAUCAGUGACCGGGGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Gpa-Mir-275_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCG -67
Get sequence
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