| MirGeneDB ID | Tca-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-275 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-275 Aga-Mir-275 Bge-Mir-275 Csc-Mir-275 Dan-Mir-275 Dlo-Mir-275 Dma-Mir-275 Dme-Mir-275 Dmo-Mir-275 Dpu-Mir-275 Dsi-Mir-275 Dya-Mir-275 Gpa-Mir-275 Hme-Mir-275 Isc-Mir-275 Lpo-Mir-275-P3 Lpo-Mir-275-P4-v1 Lpo-Mir-275-P5 Lpo-Mir-275-P6 Lpo-Mir-275-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG9: 11129838-11129898 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-275) |
Mir-305
LG9: 11129702-11129760 [-]
Ensembl
Mir-275 LG9: 11129838-11129898 [-] Ensembl |
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| Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAUUUCUUCCUUGUUGCCUGUUGCUACGCGUGUUACCUCAGUACCUAGGCUGGGGUUUUUCGAAAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGCAGCGGUGGUGCAAUUCUCAUCACCAUCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGAUUUCUUCCUUGUU- - UG A C -| A GGGGUU GC C UUGCU CGCGUGUUAC UCA GUACCU GGCU \ CG G GGCGA GCGCGCGAUG AGU CAUGGA CUGA U GCCUACCACUACUCUUAA U GU C A C^ - AAGCUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-275_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUACCUCAGUACCUAGGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-275_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCG -61
Get sequence
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