MirGeneDB ID | Hsa-Mir-199-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-199a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-199-P1-v1 Hsa-Mir-199-P1-v2 Hsa-Mir-199-P1-v3 Hsa-Mir-199-P2-v1 Hsa-Mir-199-P2-v3 Hsa-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v2 Hsa-Mir-199-P3-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Aca-Mir-199-P2-v2 Aca-Mir-199-P2-v3 Ami-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v2 Ami-Mir-199-P2-v3 Bta-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v2 Bta-Mir-199-P2-v3 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v2 Cfa-Mir-199-P2-v3 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v2 Cpi-Mir-199-P2-v3 Cpo-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v2 Cpo-Mir-199-P2-v3 Dre-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2-v2 Dre-Mir-199-P2-v3 Ete-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v2 Ete-Mir-199-P2-v3 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mdo-Mir-199-P2-v2 Mdo-Mir-199-P2-v3 Mml-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v2 Mml-Mir-199-P2-v3 Mmu-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v2 Mmu-Mir-199-P2-v3 Ocu-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v2 Ocu-Mir-199-P2-v3 Sha-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v2 Sha-Mir-199-P2-v3 Xtr-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr19: 10817429-10817491 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered MiRNAs (< 10kb from Mir-199-P2-v2) |
Mir-199-P2-v1
chr19: 10817429-10817491 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P2-v2 chr19: 10817429-10817491 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P2-v3 chr19: 10817429-10817491 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCUGCAGGAUGGAUAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAGGCUCUCAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGGUGAGCGGCUCGUCGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUGCAGGAUGGAUAG- -| C AAC U C U GGAGGC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U GG UCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU C AGAGCUGCUCGGCGAGUG U^ U AUU C - U GUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hsa-Mir-199-P2-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0000231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
microrna.org: MIMAT0000231 TargetScanVert: hsa-miR-199a-5p TargetMiner: hsa-miR-199a-5p miRDB: MIMAT0000231 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hsa-Mir-199-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0000232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
microrna.org: MIMAT0000232 TargetScanVert: hsa-miR-199a-3p TargetMiner: hsa-miR-199a-3p miRDB: MIMAT0000232 |