MirGeneDB ID | Gsa-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1992 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Russian doll killer (Gyrodactylus salaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gsa-mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1992 Cte-Mir-1992 Dgr-Mir-1992 Eba-Mir-1992 Efe-Mir-1992-P3 Efe-Mir-1992-P4 Egr-Mir-1992 Esc-Mir-1992 Hru-Mir-1992 Lan-Mir-1992 Lgi-Mir-1992-P1 Lgi-Mir-1992-P2 Llo-Mir-1992 Mgi-Mir-1992 Mom-Mir-1992 Npo-Mir-1992 Obi-Mir-1992 Ofu-Mir-1992 Ovu-Mir-1992 Pau-Mir-1992 Pcr-Mir-1992 Pdu-Mir-1992 Pve-Mir-1992 Rph-Mir-1992 Sma-Mir-1992 Sme-Mir-1992-P5 Sme-Mir-1992-P6-v1 Snu-Mir-1992 War-Mir-1992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (gyrodactylus_salaris.PRJNA244375.WBPS19.genomic) |
scf7180006949739: 1940-2002 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUUAUGAAUUAACGUCCGAUCAUAUAUGUGGCUAUGUUCAAUUGCUUUGAUACCUUAAGUUGCGUUUAUCAGCAGUUGAGUCAUUGUCAUGUAAAUUUCGGAAAAUAGCGAUAUUUCAUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUUAUGAAUUAACGU---| UCAUA U - UU ACCUUAA CCGA UAUGUGGC AUG UUCAAUUGCU GAU G GGCU AUGUACUG UAC GAGUUGACGA CUA U UCUACUUUAUAGCGAUAAAA^ UUAA- U U -- UUUGCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gsa-Mir-1992_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0035312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCUAUGUUCAAUUGCUUUGAU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gsa-Mir-1992_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0035313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCAGCAGUUGAGUCAUUGUCAUG -63
Get sequence
|