MirGeneDB ID | Eca-Mir-506-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-506a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-506-P1m Eca-Mir-506-P1n Eca-Mir-506-P1o-v1 Eca-Mir-506-P1p-v1 Eca-Mir-506-P2a Eca-Mir-506-P2b3 Eca-Mir-506-P2b4 Eca-Mir-506-P3 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P28a Eca-Mir-506-P28b Eca-Mir-506-P28c-v1 Eca-Mir-506-P28d1 Eca-Mir-506-P28d2 Eca-Mir-506-P28e1 Eca-Mir-506-P28e2 Eca-Mir-506-P28f1 Eca-Mir-506-P28f2 Eca-Mir-506-P28f3 Eca-Mir-506-P29a1 Eca-Mir-506-P29a2 Eca-Mir-506-P29b Eca-Mir-506-P30a Eca-Mir-506-P30b1-v1 Eca-Mir-506-P30b2-v1 Eca-Mir-506-P30c1 Eca-Mir-506-P30c2 Eca-Mir-506-P30d Eca-Mir-506-P31a Eca-Mir-506-P31b Eca-Mir-506-P31c Eca-Mir-506-P32 Eca-Mir-506-P33a Eca-Mir-506-P33b1 Eca-Mir-506-P33b2 Eca-Mir-506-P34 Eca-Mir-506-P35a-v1 Eca-Mir-506-P35b1-v1 Eca-Mir-506-P35b2-v1 Eca-Mir-506-P35c-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P4b Cfa-Mir-506-P4b Cja-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P4 Dno-Mir-506-P4 Hsa-Mir-506-P4 Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P4 Mmr-Mir-506-P4 Mmu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Scrotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 120853343-120853400 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P4b) |
Mir-506-P1p-v2
CM009179.1: 120848454-120848514 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1p-v1 CM009179.1: 120848454-120848514 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1p-v3 CM009179.1: 120848456-120848512 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4b CM009179.1: 120853343-120853400 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b3 CM009179.1: 120853655-120853712 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM009179.1: 120863542-120863599 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a CM009179.1: 120869779-120869836 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v2 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v1 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v3 CM009179.1: 120880991-120881047 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1n CM009179.1: 120886562-120886618 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1m CM009179.1: 120891676-120891733 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4a CM009179.1: 120894697-120894754 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b4 CM009179.1: 120897861-120897918 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | GAAUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCACCUUCAGCUACGUUUGUUCAGUGCCUUACUCAGGGAGGCGUUGUUCACAUAGAUUGGUAUAUGAAUGGCACCUUUCUGAGUAGAGUAAUGUGCAACAUGGACAACGUUUGUGGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUCACCUUCAGCUACGU--| U G C GG C UG CAUAGA UUGU CA UGC UUACUCAG AGG GU UUCA U AACG GU AUG GAUGAGUC UCC CG AAGU U UGGUGUUUGCAACAGGUAC^ U A A UU A GU AUAUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-506-P4b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAGGGAGGCGUUGUUCACA -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-506-P4b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0034707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAAUGGCACCUUUCUGAGUAGA -58
Get sequence
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