| MirGeneDB ID | Eca-Mir-506-P1o | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-509b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-506-P1m Eca-Mir-506-P1n Eca-Mir-506-P1p-v1 Eca-Mir-506-P2a Eca-Mir-506-P2b3 Eca-Mir-506-P2b4 Eca-Mir-506-P3 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P4b Eca-Mir-506-P28a Eca-Mir-506-P28b Eca-Mir-506-P28c-v1 Eca-Mir-506-P28d1 Eca-Mir-506-P28d2 Eca-Mir-506-P28e1 Eca-Mir-506-P28e2 Eca-Mir-506-P28f1 Eca-Mir-506-P28f2 Eca-Mir-506-P28f3 Eca-Mir-506-P29a1 Eca-Mir-506-P29a2 Eca-Mir-506-P29b Eca-Mir-506-P30a Eca-Mir-506-P30b1-v1 Eca-Mir-506-P30b2-v1 Eca-Mir-506-P30c1 Eca-Mir-506-P30c2 Eca-Mir-506-P30d Eca-Mir-506-P31a Eca-Mir-506-P31b Eca-Mir-506-P31c Eca-Mir-506-P32 Eca-Mir-506-P33a Eca-Mir-506-P33b1 Eca-Mir-506-P33b2 Eca-Mir-506-P34 Eca-Mir-506-P35a-v1 Eca-Mir-506-P35b1-v1 Eca-Mir-506-P35b2-v1 Eca-Mir-506-P35c-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Laf-Mir-506 Mmr-Mir-506-P1o1 Mmr-Mir-506-P1o2 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. caballus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1o-v1) |
Mir-506-P1p-v2
CM009179.1: 120848454-120848514 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1p-v1 CM009179.1: 120848454-120848514 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1p-v3 CM009179.1: 120848456-120848512 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4b CM009179.1: 120853343-120853400 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b3 CM009179.1: 120853655-120853712 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM009179.1: 120863542-120863599 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a CM009179.1: 120869779-120869836 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v2 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v1 CM009179.1: 120880989-120881048 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1o-v3 CM009179.1: 120880991-120881047 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1n CM009179.1: 120886562-120886618 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1m CM009179.1: 120891676-120891733 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4a CM009179.1: 120894697-120894754 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2b4 CM009179.1: 120897861-120897918 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Eca-Mir-506-P1o-v1 |
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| Seed | UGACACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCCUUAGACAUUCGUUGUGUGGUACUCUACUCCAAAGAGUGGCAAUCAUGUGUAAUUAGAUGUGAUUGACACCUCUGUGAGUGGAGUAACAUGUGACACAUGCGGCACAGGUGAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUUAGACAUUCG---- UG G -| A A G UGUGUA U UGUG UACUCUACUC CA AG GUG CAAUCA A A GUAC AUGAGGUGAG GU UC CAC GUUAGU U GGUAGUGGACACGGCGUACAC GU A U^ C - A GUAGAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-506-P1o-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0034709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCCAAAGAGUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-506-P1o-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGACACCUCUGUGAGUGGAGU -60
Get sequence
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| Variant | Eca-Mir-506-P1o-v2 |
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| Seed | UUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCCUUAGACAUUCGUUGUGUGGUACUCUACUCCAAAGAGUGGCAAUCAUGUGUAAUUAGAUGUGAUUGACACCUCUGUGAGUGGAGUAACAUGUGACACAUGCGGCACAGGUGAUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUUAGACAUUCG---- UG G -| A A G GUGUA U UGUG UACUCUACUC CA AG GUG CAAUCAU A A GUAC AUGAGGUGAG GU UC CAC GUUAGUG U GGUAGUGGACACGGCGUACAC GU A U^ C - A UAGAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-506-P1o-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0034709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCCAAAGAGUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-506-P1o-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUUGACACCUCUGUGAGUGGAGU -60
Get sequence
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Eca-Mir-506-P1o-v3 |
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| Seed | GAUUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCCUUAGACAUUCGUUGUGUGGUACUCUACUCCAAAGAGUGGCAAUCAUGUGUAAUUAGAUGUGAUUGACACCUCUGUGAGUGGAGUAACAUGUGACACAUGCGGCACAGGUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCCUUAGACAUUCGUU--- UG G -| A A G GUGUA G UG UACUCUACUC CA AG GUG CAAUCAU A U AC AUGAGGUGAG GU UC CAC GUUAGUG U UAGUGGACACGGCGUACACAG GU A U^ C - A UAGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-506-P1o-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0034709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCAAAGAGUGGCAAUCAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-506-P1o-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UGAUUGACACCUCUGUGAGUGGA -57
Get sequence
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