| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-506-P1f Ocu-Mir-506-P1g Ocu-Mir-506-P1h Ocu-Mir-506-P2a Ocu-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-506-P4b Cfa-Mir-506-P4b Cja-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P4 Dno-Mir-506-P4 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P4b Hsa-Mir-506-P4 Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P4 Mmr-Mir-506-P4 Mmu-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 10694554-10694611 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P4) |
Mir-506-P5
chrUn0002: 10678464-10678522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P1h chrUn0002: 10687771-10687828 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4 chrUn0002: 10694554-10694611 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrUn0002: 10705716-10705773 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a chrUn0002: 10707176-10707233 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1g chrUn0002: 10711587-10711644 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1f chrUn0002: 10723771-10723827 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACACCUUCAGUCAUGCUGUGUACAGUAGCCUACUCAGGAAGGCAUUAUUCAUGUAUUUUGAUGUGUGAAUGGUACACUUCUGAGUAGAGUAAUGUGCAACAUGGACAACAUUCGUAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACACCUUCAGUCAUGCUG--| GUA - G GC- UGUAUU UGUACA GC CUACUCAG AAG AUUAUUCA U ACGUGU UG GAUGAGUC UUC UGGUAAGU U UGAUGCUUACAACAGGUACA^ AA- A - ACA GUGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-506-P4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCAGGAAGGCAUUAUUCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-506-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUGGUACACUUCUGAGUAGA -58
Get sequence
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