| MirGeneDB ID | Cja-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-506-P1a Cja-Mir-506-P1b Cja-Mir-506-P1c Cja-Mir-506-P1d Cja-Mir-506-P1e Cja-Mir-506-P2a Cja-Mir-506-P3 Cja-Mir-506-P5d1 Cja-Mir-506-P5d2 Cja-Mir-506-P6a Cja-Mir-506-P6b Cja-Mir-506-P6c Cja-Mir-506-P6d Cja-Mir-506-P6e Cja-Mir-506-P6o1 Cja-Mir-506-P6o2 Cja-Mir-506-P6o3 Cja-Mir-506-P6o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-506-P4b Cfa-Mir-506-P4b Cpo-Mir-506-P4 Dno-Mir-506-P4 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P4b Hsa-Mir-506-P4 Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P4 Mmr-Mir-506-P4 Mmu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 139215196-139215253 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P4) |
Mir-506-P5d2
CM021937.1: 139194332-139194389 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P4 CM021937.1: 139215196-139215253 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM021937.1: 139219593-139219650 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a CM021937.1: 139225257-139225314 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1e CM021937.1: 139229332-139229388 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1d CM021937.1: 139234111-139234171 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c CM021937.1: 139236938-139236995 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1b CM021937.1: 139245146-139245203 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1a CM021937.1: 139251169-139251226 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAUGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGCAUCAGCCAUGCUCUGCAUAGUGCCUUGUUCAGGAAGGUGUUUUUCAUACAGAUGAAUGUUUGAAUGGCACCCUUCUGAGCAGAGUAAUGUGCAACAUGGACGACAUUUGUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAGCAUCAGCCAUGCUC--| G C A UU AUACAGA UGCAUA UGC UUGUUCAGGA GGUGU UUC U ACGUGU AUG GACGAGUCUU CCACG AAG G UGGUGUUUACAGCAGGUACA^ A A C GU UUUGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-506-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUCAGGAAGGUGUUUUUC -20
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-506-P4_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GAAUGGCACCCUUCUGAGCAGA -58
Get sequence
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