| MirGeneDB ID | Cja-Mir-506-P5d2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-506-P1a Cja-Mir-506-P1b Cja-Mir-506-P1c Cja-Mir-506-P1d Cja-Mir-506-P1e Cja-Mir-506-P2a Cja-Mir-506-P3 Cja-Mir-506-P4 Cja-Mir-506-P5d1 Cja-Mir-506-P6a Cja-Mir-506-P6b Cja-Mir-506-P6c Cja-Mir-506-P6d Cja-Mir-506-P6e Cja-Mir-506-P6o1 Cja-Mir-506-P6o2 Cja-Mir-506-P6o3 Cja-Mir-506-P6o4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-506-P5 Cpo-Mir-506-P5 Ete-Mir-506-P5d Laf-Mir-506 Mmr-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P5 Rno-Mir-506-P5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. jacchus | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 139194332-139194389 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P5d2) |
Mir-506-P5d2
CM021937.1: 139194332-139194389 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P4 CM021937.1: 139215196-139215253 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 CM021937.1: 139219593-139219650 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a CM021937.1: 139225257-139225314 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1e CM021937.1: 139229332-139229388 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1d CM021937.1: 139234111-139234171 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1c CM021937.1: 139236938-139236995 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCUCAAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACAUUCAGCCAUUCAGCGUGCAGUGCCUUUCUCAAGAAGGUGGCAUUCAUGUGAGCUAAAACAUGAAUGUCGCCUUUUUGAGAAGAGUAAUGUACAGCAUGUACUGCGCAUGUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50
CCACAUUCAGCCAUUCA- -| G C UGAG
GC GUGCA UGC UUUCUCAAGAAGGUGGCAUUCAUG C
CG CAUGU AUG GAAGAGUUUUUCCGCUGUAAGUAC U
UGGUGUACGCGUCAUGUA A^ A A AAAA
110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-506-P5d2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUCAAGAAGGUGGCAUUCAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-506-P5d2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAAUGUCGCCUUUUUGAGAAGA -58
Get sequence
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