| MirGeneDB ID | Cja-Mir-506-P6o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-506-P1a Cja-Mir-506-P1b Cja-Mir-506-P1c Cja-Mir-506-P1d Cja-Mir-506-P1e Cja-Mir-506-P2a Cja-Mir-506-P3 Cja-Mir-506-P4 Cja-Mir-506-P5d1 Cja-Mir-506-P5d2 Cja-Mir-506-P6a Cja-Mir-506-P6b Cja-Mir-506-P6c Cja-Mir-506-P6d Cja-Mir-506-P6e Cja-Mir-506-P6o1 Cja-Mir-506-P6o2 Cja-Mir-506-P6o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. jacchus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 138009628-138009684 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P6o4) |
Mir-506-P6o4
CM021937.1: 138009628-138009684 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P6o3 CM021937.1: 138011101-138011157 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6e CM021937.1: 138011554-138011610 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6c CM021937.1: 138012093-138012149 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6o2 CM021937.1: 138012617-138012673 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6d CM021937.1: 138013087-138013143 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6o1 CM021937.1: 138014130-138014186 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6b CM021937.1: 138014614-138014670 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6a CM021937.1: 138015144-138015200 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACUGGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACAAUUAGCCAUGUUGUGGGAAGUUCCCUACUCAGAAAUGUGCCAGCCACUUUGAUUACAUGUCACUGGGUCAUUUCUGGGUAGAGUAAGUACAAGUUUGUGGUGGUUUUCAGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCACAAUUAGCCAUGUUGUGGGAAGUUCC--| UG CC UUUGA CUACUCAGAAAUG CCAG AC \ GAUGGGUCUUUAC GGUC UG U CAGACUUUUGGUGGUGUUUGAACAUGAAUGA^ UG AC UACAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-506-P6o4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUCAGAAAUGUGCCAGCCAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-506-P6o4_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CACUGGGUCAUUUCUGGGUAGA -57
Get sequence
|
