| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-124-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-124-P6-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Cel-Mir-124 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dpu-Mir-124 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Esc-Mir-124 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Isc-Mir-124 Lan-Mir-124 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Mgi-Mir-124 Mom-Mir-124 Npo-Mir-124 Obi-Mir-124 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pau-Mir-124 Pcr-Mir-124-o5 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Tca-Mir-124 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02000126.1: 461509-461567 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P5-v1) |
Mir-124-P5-v1
FYBX02000126.1: 461509-461567 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P5-v2 FYBX02000126.1: 461510-461567 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-124-P5-v1 |
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| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCGUCCGUCCAUCCACGGCCACCAUUCUGCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAACGGGGUCGACGAAUCAUCCACUGAGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCGUCCGUCCAUCCAC---| A A - C A GA UUAAUG GGCC CC UUCU G GUGUUCAC GCG CCUUGAU \ CUGG GG AAGA C CGUAAGUG CGC GGAAUUA U CGGAGUCACCUACUAAGCAG^ - C A - G AC ACAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-124-P5-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-124-P5-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -59
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-124-P5-v2 |
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| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCGUCCGUCCAUCCACGGCCACCAUUCUGCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAACGGGGUCGACGAAUCAUCCACUGAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCGUCCGUCCAUCCAC--| A A - C A GA UAAUG GGCC CC UUCU G GUGUUCAC GCG CCUUGAUU \ CUGG GG AAGA C CGUAAGUG CGC GGAAUUAA U GGAGUCACCUACUAAGCAG^ - C A - G AC CAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-124-P5-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-124-P5-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -58
Get sequence
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