| MirGeneDB ID | Dre-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-27a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-27-P2a Dre-Mir-27-P2b Dre-Mir-27-P3 Dre-Mir-27-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-27-P1 Lch-Mir-27-P1 Loc-Mir-27-P1 Mal-Mir-27-P1 Pma-Mir-27-o1 Tni-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr2: 33902361-33902423 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P1) |
Mir-23-P1
chr2: 33900445-33900503 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P1 chr2: 33902361-33902423 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P1 chr2: 33905775-33905834 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUGAUGUCUGCUGAAGUUUCGUGAGGUGCAGGACUUAGCUCACUCUGUGAACAGAUCUCGGAUAUCCUAUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCUCCUCUGAGGCCCACACUCGAAAUCAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUGAUGUCUGCUGAAG---| U U A U CU GAUCUCG UUUCG GAGG GC GGACUUAGC CACU GUGAACA G GGAGU CUCC CG CUUGAAUCG GUGA CACUUGU A ACCGACUAAAGCUCACACCC^ - U C - -- AUCCUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-27-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUUAGCUCACUCUGUGAACA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-27-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-27a |
