MirGeneDB ID | Dno-Mir-430-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P3 Dno-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P5 Dno-Mir-430-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-430-P8 Ete-Mir-430-P8 Hsa-Mir-430-P8a Hsa-Mir-430-P8b Mml-Mir-430-P8 Pab-Mir-430-P8 Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xtr-Mir-430-o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH570335: 73655-73715 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P8) |
Mir-430-P8
JH570335: 73655-73715 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P5 JH570335: 104581-104641 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P6 JH570335: 104769-104828 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | AGUGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUGGACAACGAUUAUCUCAGUCCUGUGGCACUCAGCCCUGGGGGCACUUUCUGGUUCCUGAAUGAGGAAAGUGCUGCCAGAGUUGAGUAUCACUGGCUGGAGAAGAGCCAUCAGAUACUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAUGGACAACGAUUAUC---| CU GC C G UGGUUCC UCAGUC GUG ACUCAGC CUGG GGCACUUUC \ GGUCGG CAC UGAGUUG GACC UCGUGAAAG U GUCAUAGACUACCGAGAAGA^ U- UA A G GAGUAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Dicer cut in tenrec is +1 relative to human generating a seed-shifted mature 3p read. Armadillo the only other taxon with reads from this miRNA expresses both versions equally but lowly and thus it is unclear which version predominates in vivo. The human version of the cut is annotated here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dno-Mir-430-P8_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCAGCCCUGGGGGCACUUUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Dno-Mir-430-P8_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AAGUGCUGCCAGAGUUGAGUAU -61
Get sequence
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