MirGeneDB ID | Cfa-Mir-199-P2-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-199-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v2 Cfa-Mir-199-P1-v3 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v2 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v2 Cfa-Mir-199-P3-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Aca-Mir-199-P2-v2 Aca-Mir-199-P2-v3 Ami-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v2 Ami-Mir-199-P2-v3 Bta-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v2 Bta-Mir-199-P2-v3 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v2 Cpi-Mir-199-P2-v3 Cpo-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v2 Cpo-Mir-199-P2-v3 Dre-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2-v2 Dre-Mir-199-P2-v3 Ete-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v2 Ete-Mir-199-P2-v3 Hsa-Mir-199-P2-v1 Hsa-Mir-199-P2-v2 Hsa-Mir-199-P2-v3 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mdo-Mir-199-P2-v2 Mdo-Mir-199-P2-v3 Mml-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v2 Mml-Mir-199-P2-v3 Mmu-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v2 Mmu-Mir-199-P2-v3 Ocu-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v2 Ocu-Mir-199-P2-v3 Sha-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v2 Sha-Mir-199-P2-v3 Xtr-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3) |
chr20: 50410923-50410985 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered MiRNAs (< 10kb from Mir-199-P2-v3) |
Mir-199-P2-v1
chr20: 50410923-50410985 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P2-v2 chr20: 50410923-50410985 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P2-v3 chr20: 50410923-50410985 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGCAGCAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGGCUCUGAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUCGGGCAAGCGGCGCAUCAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGCAGCAUGGACAG- -| C AAC U C UCAGGGGGC CCG GCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU U GGC CGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA C AGGACUACGCGGCGAACG U^ U AUU C - UGUGUAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-199-P2-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-199-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0006642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
TargetScanVert: cfa-miR-199 miRDB: MIMAT0006642 |