| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-188-P1 Cfa-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P2 Cja-Mir-188-P2 Cpo-Mir-188-P2 Dno-Mir-188-P2 Eca-Mir-188-P2 Hsa-Mir-188-P2 Laf-Mir-188-P2 Mml-Mir-188-P2 Mmr-Mir-188-P2 Mmu-Mir-188-P2 Ocu-Mir-188-P2 Pab-Mir-188-P2 Rno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P2) |
Mir-188-P1
chrX: 42774680-42774738 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 chrX: 42775072-42775131 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 chrX: 42779871-42779932 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 chrX: 42779872-42779931 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 42780369-42780427 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b chrX: 42781869-42781930 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 42783965-42784023 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 42785601-42785660 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAGUGAGCCUUUCCCUGCUCCCUCUCUCACAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGUGAGCUUUUUGAAAACCCCUCCCACAUGCAGGGUUUGCAGGAUGGUGAGCCUCAGCUUUCCUUGCUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGUGAGCCUUUCCCU-- -| UC CA UC GU UGAGCUU GCUC CC UCU CA CCUUGCAUG GGAGGG U CGAG GG AGG GU GGGACGUAC CCUCCC U CUCUCGUUCCUUUCGACUC U^ U- AC UU AC CAAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Dicer cut is consistently +3 across mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-188-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-188 miRDB: MIMAT0009880 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-188-P2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCCACAUGCAGGGUUUGCA -60
Get sequence
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