| MirGeneDB ID | Pab-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-188-P1 Pab-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P2 Cfa-Mir-188-P2 Cja-Mir-188-P2 Cpo-Mir-188-P2 Dno-Mir-188-P2 Eca-Mir-188-P2 Hsa-Mir-188-P2 Laf-Mir-188-P2 Mml-Mir-188-P2 Mmr-Mir-188-P2 Mmu-Mir-188-P2 Ocu-Mir-188-P2 Rno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 50279907-50279966 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P2) |
Mir-188-P1
CM054702.2: 50279557-50279615 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM054702.2: 50279907-50279966 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM054702.2: 50284816-50284877 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM054702.2: 50284816-50284877 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM054702.2: 50285340-50285398 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM054702.2: 50286109-50286167 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b CM054702.2: 50287048-50287109 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM054702.2: 50289638-50289696 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM054702.2: 50290996-50291055 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAGCAAGCCCUUCCCUGCUCCCUCUCUCACAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGUGAGCUUUCUGAAAACCCCUCCCACAUGCAGGGUUUGCAGGAUGGCGAGCCUCAGCUUUCCUUGCUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGCAAGCCCUUCCCU-- -| UC CA UC GU UGAGCUU GCUC CC UCU CA CCUUGCAUG GGAGGG U CGAG GG AGG GU GGGACGUAC CCUCCC C CUCUCGUUCCUUUCGACUC C^ U- AC UU AC CAAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-188-P2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-188-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCCACAUGCAGGGUUUGCA -60
Get sequence
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