| MirGeneDB ID | Pab-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-362-P3a-v1 Pab-Mir-362-P3b Pab-Mir-362-P4 Pab-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-362-P5 Cpo-Mir-362-P5 Eca-Mir-362-P5 Hsa-Mir-362-P5 Mml-Mir-362-P5 Mmr-Mir-362-P5 Mmu-Mir-362-P5 Ocu-Mir-362-P5 Rno-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 50286109-50286167 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P5) |
Mir-188-P1
CM054702.2: 50279557-50279615 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM054702.2: 50279907-50279966 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM054702.2: 50284816-50284877 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM054702.2: 50284816-50284877 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM054702.2: 50285340-50285398 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM054702.2: 50286109-50286167 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b CM054702.2: 50287048-50287109 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM054702.2: 50289638-50289696 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM054702.2: 50290996-50291055 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGAGUCCUCUGCUCUGCUCUUCCUCUCUAAUCCUUUGUCCCUGGGUGAGAGUUCUUUCUGAAUGCAAUGCACCCAGGCAAGGAUUCCGAGAGGGUGAGCCCCCUCUGCGUGGAGAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGAGUCCUCUGCUCU- U U-| UGUC AGA- UCUUU GCUC UCCUCUC AAUCCUU CCUGGGUG GU \ CGAG GGGAGAG UUAGGAA GGACCCAC CG C CAAGAGGUGCGUCUCCCC U CC^ C--- GUAA UAAGU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-362-P5_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUCCUUUGUCCCUGGGUGAGAGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-362-P5_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUGCACCCAGGCAAGGAUUCC -59
Get sequence
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