| MirGeneDB ID | Pab-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-362-P3a-v1 Pab-Mir-362-P3b Pab-Mir-362-P4 Pab-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P6 Cfa-Mir-362-P6 Cpo-Mir-362-P6 Dno-Mir-362-P6 Eca-Mir-362-P6 Ete-Mir-362-P6 Hsa-Mir-362-P6 Laf-Mir-362-P6 Mml-Mir-362-P6 Mmr-Mir-362-P6 Mmu-Mir-362-P6 Ocu-Mir-362-P6 Rno-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 50290996-50291055 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P6) |
Mir-188-P1
CM054702.2: 50279557-50279615 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 CM054702.2: 50279907-50279966 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 CM054702.2: 50284816-50284877 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 CM054702.2: 50284816-50284877 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 CM054702.2: 50285340-50285398 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 CM054702.2: 50286109-50286167 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b CM054702.2: 50287048-50287109 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 CM054702.2: 50289638-50289696 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 CM054702.2: 50290996-50291055 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAAGCCUUCUGCCCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGCUGUCUCAAUGCAAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAGAGAGGGGGAGCUCAACUGUACCAACAAGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCAAGCCUUCUGCCCU-- -| UAU UG UAG UGUC GCUCCCCCUCUCU AAUCCUUGC C GGUGC UGC \ CGAGGGGGAGAGA UUAGGAACG G CCACG ACG U AGGAACAACCAUGUCAACU C^ --- GU UA- UAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-362-P6_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUCCUUGCUAUCUGGGUGCUAGUGC -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-362-P6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUGCACCUGGGCAAGGAUUCAG -60
Get sequence
|
