MirGeneDB ID | Cel-Mir-10-P3m | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-lin-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P3n | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P3 Asu-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P3 Bge-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P3 Bpl-Mir-10-P3 Cbr-Mir-10-P3m Cgi-Mir-10-P3 Cin-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P3 Dan-Mir-10-P3 Dma-Mir-10-P3 Dme-Mir-10-P3 Dmo-Mir-10-P3 Dpu-Mir-10-P3 Dsi-Mir-10-P3 Dya-Mir-10-P3 Esc-Mir-10-P3 Isc-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P3 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P3 Ovu-Mir-10-P3 Pmi-Mir-10-P3 Sko-Mir-10-P3 Spu-Mir-10-P3 Tca-Mir-10-P3 Xbo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrII: 5902269-5902329 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGGUUUAUGAGUUUAUGCUUCCGGCCUGUUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGUGUACUAUUGAUGCUUCACACCUGGGCUCUCCGGGUACCAGGACGGUUUGAGCAGAUCUUUUUUUCUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGGUUUAUGAGUUUAUGCUU-- G UU-| U C A GUGUACU CCG CCUG CCC GAGA CUCA GUGUGA A GGC GGAC GGG CUCU GGGU CACACU U UGUCUUUUUUUCUAGACGAGUUU A CAU^ C C C UCGUAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cel-Mir-10-P3m_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCCUGAGACCUCAAGUGUGA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000002 TargetScanWorm: cel-lin-4 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cel-Mir-10-P3m_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0015092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015092 |