| MirGeneDB ID | Bta-Mir-29-P1d8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-29b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-29-P1b-v1 Bta-Mir-29-P1d7-v1 Bta-Mir-29-P1d8-v1 Bta-Mir-29-P2b Bta-Mir-29-P2d7 Bta-Mir-29-P2d8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aca-Mir-29-P1d-v1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Ami-Mir-29-P1d-v1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cfa-Mir-29-P1d-v1 Cin-Mir-29-o1 Cja-Mir-29-P1d-v1 Cli-Mir-29-P1d-v1 Cmi-Mir-29-P1d Cpi-Mir-29-P1d-v1 Cpo-Mir-29-P1d-v1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dno-Mir-29-P1d-v1 Dpu-Mir-29-P1 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Eca-Mir-29-P1d-v1 Esc-Mir-29-P1 Ete-Mir-29-P1d-v1 Gga-Mir-29-P1d-v1 Gja-Mir-29-P1d-v1 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Hsa-Mir-29-P1d-v1 Isc-Mir-29-P1 Laf-Mir-29-P1d-v1 Lch-Mir-29-P1d Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Loc-Mir-29-P1d Mdo-Mir-29-P1d-v1 Mgi-Mir-29-P1 Mml-Mir-29-P1d-v1 Mmr-Mir-29-P1d-v1 Mmu-Mir-29-P1d-v1 Mom-Mir-29-P1 Mun-Mir-29-P1d-v1 Npo-Mir-29-P1 Oan-Mir-29-P1d-v1 Obi-Mir-29-P1 Ocu-Mir-29-P1d-v1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pab-Mir-29-P1d-v1 Pau-Mir-29-P1 Pbv-Mir-29-P1d-v1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rph-Mir-29-P1 Sha-Mir-29-P1d-v1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spt-Mir-29-P1d Spu-Mir-29-P1 Sto-Mir-29-P1d Tca-Mir-29-P1 Tgu-Mir-29-P1d-v1 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 Xtr-Mir-29-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037343.1: 75577056-75577118 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1d8-v2) |
Mir-29-P1d8-v1
NC_037343.1: 75577055-75577119 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1d8-v2 NC_037343.1: 75577056-75577118 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2d8 NC_037343.1: 75577623-75577680 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Bta-Mir-29-P1d8-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUUCAGUGAGAUCCUCUUCUUCUGGAAGCUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGAUUUUUCCAUCUUUGUAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUUUAGGAGUAAGAAUUGCAGCACAGCCAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUUCAGUGAGAUCCU- - -| C G U UUUUCC CUU CUUCUGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG CU AGAU A GAA GAGGAUUUU UGACUAAAGU UACCAC GA UCUA U AAACCGACACGACGUUAA U G^ U - - UGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bta-Mir-29-P1d8-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGAU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bta-Mir-29-P1d8-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-29b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Bta-Mir-29-P1d8-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUUCAGUGAGAUCCUCUUCUUCUGGAAGCUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGAUUUUUCCAUCUUUGUAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUUUAGGAGUAAGAAUUGCAGCACAGCCAAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUUCAGUGAGAUCC- - -| C G U UUUUUCC UCUU CUUCUGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG CU AGA A AGAA GAGGAUUUU UGACUAAAGU UACCAC GA UCU U GAAACCGACACGACGUUA U G^ U - - AUGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bta-Mir-29-P1d8-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bta-Mir-29-P1d8-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU -65
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-29b |
