MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Aca-Mir-101-P1

Family name MIR-101 (all species)
Species Green anole lizard (Anolis carolinensis)
MiRBase ID aca-mir-101-1
Paralogues Aca-Mir-101-P1-v1  Aca-Mir-101-P2-v1 
Orthologues Ami-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cja-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v1  Dre-Mir-101-P1-v1  Eca-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v1  Laf-Mir-101-P1-v1  Lch-Mir-101-P1  Loc-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v1  Mmr-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v1  Pab-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v1  Spt-Mir-101-P1c  Spt-Mir-101-P1d  Sto-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v1  Xla-Mir-101-P1a-v1  Xla-Mir-101-P1b-v1  Xtr-Mir-101-P1-v1 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(anoCar2)
4: 98411455-98411511 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v2)
Mir-101-P1-v1 4: 98411454-98411512 [+] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 4: 98411455-98411511 [+] UCSC Ensembl
Variant

Aca-Mir-101-P1-v2

Seed UACAGUA
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GUAGGCAAUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACUGUGCUGAUGCUGUCUAUACUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAUCUUGCCUUCACAGAAAC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
GUAGGCAAUGACUGACA--|      CUGGC           U      A    GUCUA 
                   GGCUGCC     UCAGUUAUCAC GUGCUG UGCU     U
                   CCGACGG     AGUCAAUAGUG CAUGAC AUGG     A
CAAAGACACUUCCGUUCUA^      UAGGA           U      -    AAAUC 
     110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
- +
Sk Ta Ta To Wh
Star sequence

Aca-Mir-101-P1-v2_5p*

mirBase accessionMIMAT0021710
Sequence
0- CAGUUAUCACUGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
Mature sequence

Aca-Mir-101-P1-v2_3p

mirBase accessionMIMAT0021711
Sequence
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
Variant

Aca-Mir-101-P1-v1

Seed ACAGUAC
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AGUAGGCAAUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACUGUGCUGAUGCUGUCUAUACUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAUCUUGCCUUCACAGAAACU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
AGUAGGCAAUGACUGACA--|      CUGGC           U      A   UGUCUA 
                    GGCUGCC     UCAGUUAUCAC GUGCUG UGC      U
                    CCGACGG     AGUCAAUAGUG CAUGAC AUG      A
UCAAAGACACUUCCGUUCUA^      UAGGA           U      -   GAAAUC 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
- +
Sk Ta Ta To Wh
Star sequence

Aca-Mir-101-P1-v1_5p*

mirBase accessionMIMAT0021710
Sequence
0- UCAGUUAUCACUGUGCUGAUGC -22
Get sequence
Mature sequence

Aca-Mir-101-P1-v1_3p

mirBase accessionMIMAT0021711
Sequence
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence