| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-142-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-142-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Xenopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2a-v3) |
Mir-142-P2a-v4
chr2: 38445591-38445654 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2a-v1 chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2a-v2 chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2a-v3 chr2: 38445593-38445652 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b-v4 chr2: 38446773-38446836 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b-v1 chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b-v2 chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b-v3 chr2: 38446775-38446834 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-142-P2a-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGGCGCUACGAGACCUCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACACUCCAGAGCAUCGCGG^ GA A C UCGCAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAG -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-142-P2a-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGGCGCUACGAGACCUCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACACUCCAGAGCAUCGCGG^ GA A C UCGCAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-142-P2a-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGGCGCUACGAGACCUCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACACUCCAGAGCAUCGCGG^ GA A C UCGCAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-3p |
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| Variant | Xtr-Mir-142-P2a-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAGAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGGCGCUACGAGACCUCACAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGAGAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C AGACACUCCAGAGCAUCGCGG^ GA A C UCGCAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-142-P2a-v4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-142-3p |
