| MirGeneDB ID | Xla-Mir-142-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 31425406-31425465 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2b1-v3) |
Mir-142-P2a2-v4
NC_030727.1: 31425404-31425467 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2b1-v4 NC_030727.1: 31425404-31425467 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b1-v1 NC_030727.1: 31425406-31425465 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b1-v2 NC_030727.1: 31425406-31425465 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b1-v3 NC_030727.1: 31425406-31425465 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b2-v4 NC_030727.1: 31426967-31427030 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b2-v1 NC_030727.1: 31426969-31427028 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b2-v2 NC_030727.1: 31426969-31427028 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2b2-v3 NC_030727.1: 31426969-31427028 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-142-P2b1-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGACGCUACGAGACCUCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACACUCCAGAGCAUCGCAG^ GA A C UCGCAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
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| Star sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Xla-Mir-142-P2b1-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGACGCUACGAGACCUCACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACACUCCAGAGCAUCGCAG^ GA A C UCGCAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Mature sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0011139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Xla-Mir-142-P2b1-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGACGCUACGAGACCUCACAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACACUCCAGAGCAUCGCAG^ GA A C UCGCAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Star sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-142-P2b1-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAGAAAACCUGGACAUGCAGUGCAGCCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGACAGGACUGAACGCUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGGACGCUACGAGACCUCACAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAGAAAACCUGGACAUG--| GC C A UAGACAGG CAGUGCA CA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUGU GU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C AGACACUCCAGAGCAUCGCAG^ GA A C UCGCAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
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| Mature sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0011139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-142-P2b1-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
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