| MirGeneDB ID | Xla-Mir-140-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-140-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-140-P2a-v1 Xla-Mir-140-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-140-P2-v1 Ami-Mir-140-P2-v1 Bta-Mir-140-P2-v1 Cfa-Mir-140-P2-v1 Cja-Mir-140-P2-v1 Cli-Mir-140-P2-v1 Cmi-Mir-140-P2-v1 Cpi-Mir-140-P2-v1 Cpo-Mir-140-P2-v1 Dno-Mir-140-P2-v1 Dre-Mir-140-P2-v1 Eca-Mir-140-P2-v1 Ete-Mir-140-P2-v1 Gga-Mir-140-P2-v1 Gja-Mir-140-P2-v1 Gmo-Mir-140-P2-v1 Hsa-Mir-140-P2-v1 Lch-Mir-140-P2 Loc-Mir-140-P2-v1 Mal-Mir-140-P2-v1 Mdo-Mir-140-P2-v1 Mml-Mir-140-P2-v1 Mmr-Mir-140-P2-v1 Mmu-Mir-140-P2-v1 Mun-Mir-140-P2-v1 Neu-Mir-140-P2-v1 Oan-Mir-140-P2-v1 Ocu-Mir-140-P2-v1 Pab-Mir-140-P2-v1 Pma-Mir-140-o2 Rno-Mir-140-P2-v1 Sha-Mir-140-P2-v1 Spt-Mir-140-P2 Sto-Mir-140-P2-v1 Tgu-Mir-140-P2-v1 Tni-Mir-140-P2-v1 Xtr-Mir-140-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030731.1: 41460369-41460430 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P2b-v2) |
Mir-140-P2b-v1
NC_030731.1: 41460369-41460430 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P2b-v2 NC_030731.1: 41460369-41460430 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-140-P2b-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGCUGCUAUCCCUCUCUCUGUGUCCUCCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAGGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUACAGGGAGCUCUCAACAUGGAACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGCUGCUAUCCCUCU-- C-| A A UUACGU CUCUGUGUCCU CC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C GGGACAUAGGA GG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A GACAAGGUACAACUCUCGA CA^ - C UGUCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-140-P2b-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-140-P2b-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-140-P2b-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGCUGCUAUCCCUCUCUCUGUGUCCUCCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAGGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUACAGGGAGCUCUCAACAUGGAACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGCUGCUAUCCCUCU-- C-| A A GUUACGU CUCUGUGUCCU CC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C GGGACAUAGGA GG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GACAAGGUACAACUCUCGA CA^ - C UUGUCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-140-P2b-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-140-P2b-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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