| MirGeneDB ID | Tni-Mir-214-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-214-P1-v1 Tni-Mir-214-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Dre-Mir-214-P1-v1 Gmo-Mir-214-P1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mal-Mir-214-P1-v1 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
1: 12449357-12449415 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-P1-v2) |
Mir-214-P1-v1
1: 12449356-12449416 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-214-P1-v2 1: 12449357-12449415 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-214-P1-v2 |
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| Seed | CCUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGACAGGAUGAGACUGUUGUGGUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGACCUUCUGCUCCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGAUGGCAGCCCCACUGACAUCAGAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGACAGGAUGAGACUG--| G G ACA GACCUU UUGU GU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ GACG UA ACAGACGGACAGA GGACGACAUGU C AGAAGACUACAGUCACCCC^ G G CAC CCUCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-214-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-214-P1-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGCAGGCACAGACAGGCAG -59
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-214-P1-v1 |
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| Seed | GCCUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGACAGGAUGAGACUGUUGUGGUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGACCUUCUGCUCCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGAUGGCAGCCCCACUGACAUCAGAAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGACAGGAUGAGACU--| G G ACA AGACCUU GUUGU GU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CGACG UA ACAGACGGACAGA GGACGACAUG C CAGAAGACUACAGUCACCC^ G G CAC UCCUCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-214-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-214-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -61
Get sequence
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