MirGeneDB ID | Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v1 Bta-Mir-147 Cfa-Mir-147-P1-v1 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v1 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3b-v1 Hsa-Mir-147-v1 Laf-Mir-147-P4 Laf-Mir-147-P5 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v1 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
5: 10212485-10212547 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUUCCUGGCCGGCCCCUCAUCAGUCUAACAGAAUCCUUUCUGCACAAACUAGAAUGAUUUGACACUCAGUGUGCGGAAACGCUUCUGCUCCACUGGUGGGGUUUCACCCUGGUCCGUACCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCUUCCUGGCCGGCC--| CUAA UCC AACUAGAAUGA CCUCAUCAGU CAGAA UUUCUGCACA \ GGGGUGGUCA GUCUU AAAGGCGUGU U CCAUGCCUGGUCCCACUUU^ CCUC CGC GACUCACAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-147_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAGAAUCCUUUCUGCACAAAC -22
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-147_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GUGUGCGGAAACGCUUCUGCUC -63
Get sequence
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