| MirGeneDB ID | Tni-Mir-129-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-129-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-129-P1a Tni-Mir-129-P1b Tni-Mir-129-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-129-P2 Ami-Mir-129-P2 Bta-Mir-129-P2 Cfa-Mir-129-P2 Cja-Mir-129-P2 Cli-Mir-129-P2 Cmi-Mir-129-P2 Cpi-Mir-129-P2 Cpo-Mir-129-P2 Dno-Mir-129-P2 Dre-Mir-129-P2b Eca-Mir-129-P2 Ete-Mir-129-P2 Gja-Mir-129-P2 Gmo-Mir-129-P2b Hsa-Mir-129-P2 Laf-Mir-129-P2 Lch-Mir-129-P2 Loc-Mir-129-P2 Mal-Mir-129-P2b Mdo-Mir-129-P2 Mml-Mir-129-P2 Mmr-Mir-129-P2 Mmu-Mir-129-P2 Mun-Mir-129-P2 Neu-Mir-129-P2 Oan-Mir-129-P2 Ocu-Mir-129-P2 Pab-Mir-129-P2 Pbv-Mir-129-P2 Pma-Mir-129-o2 Rno-Mir-129-P2 Sha-Mir-129-P2 Spt-Mir-129-P2 Sto-Mir-129-P2 Tgu-Mir-129-P2 Xtr-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
19: 2390426-2390490 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAACUCUCCACCUUCUGUCCUCUGCGGGUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUUCCUAAGGCAGUAGCCAGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGUAUCUGCACUGGAUCCCAGCAUCAGGAGCCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAACUCUCCACCUUCU-- UC -| C CU G UGUUCCUAA GUCC UGCGGGU CUUUUUG GGU GGGCUU C G UAGG ACGUCUA GAAAAAC CCA CCCGAA G G GGACCGAGGACUACGACCC UC U^ C UU G ACCGAUGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-129-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-129-P2b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AAGCCCUUACCCCAAAAAGUAU -65
Get sequence
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