MirGeneDB ID | Cpi-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-129-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-129-P2 Ami-Mir-129-P2 Bta-Mir-129-P2 Cfa-Mir-129-P2 Cja-Mir-129-P2 Cli-Mir-129-P2 Cmi-Mir-129-P2 Cpo-Mir-129-P2 Dno-Mir-129-P2 Dre-Mir-129-P2a Dre-Mir-129-P2b Eca-Mir-129-P2 Ete-Mir-129-P2 Gja-Mir-129-P2 Gmo-Mir-129-P2a Gmo-Mir-129-P2b Hsa-Mir-129-P2 Laf-Mir-129-P2 Lch-Mir-129-P2 Loc-Mir-129-P2 Mal-Mir-129-P2a Mal-Mir-129-P2b Mdo-Mir-129-P2 Mml-Mir-129-P2 Mmr-Mir-129-P2 Mmu-Mir-129-P2 Mun-Mir-129-P2 Neu-Mir-129-P2 Oan-Mir-129-P2 Ocu-Mir-129-P2 Pab-Mir-129-P2 Pbv-Mir-129-P2 Pma-Mir-129-o2 Rno-Mir-129-P2 Sha-Mir-129-P2 Spt-Mir-129-P2 Sto-Mir-129-P2 Tgu-Mir-129-P2 Tni-Mir-129-P2a Tni-Mir-129-P2b Xla-Mir-129-P2c Xla-Mir-129-P2d Xtr-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584641: 532585-532650 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUCUCCCGGUCUCGUUCUCUCUUGGAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUUCCUCCAAUCAGUAGUCAGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGUAUUUGCGAGGGAUAAGGUCAGCGGGGAAGAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCUCUCCCGGUCUCGU-- U GG -| C CU G UGUUCCUCCA UCUCUC U AU CUUUUUG GGU GGGCUU C \ AGGGAG G UA GAAAAAC CCA CCCGAA G A AAAGAAGGGGCGACUGGAAU C UU U^ C UU G ACUGAUGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-129-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-129-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- AAGCCCUUACCCCAAAAAGUAU -66
Get sequence
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