MirGeneDB ID | Spu-Mir-22-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-22-P2 Asu-Mir-22-P2 Bge-Mir-22-P2 Cbr-Mir-22-P2-v1 Cbr-Mir-22-P2-v2 Cel-Mir-22-P2 Cgi-Mir-22-P2 Csc-Mir-22-P2 Cte-Mir-22-P2 Dan-Mir-22-P2 Dma-Mir-22-P2 Dme-Mir-22-P2 Dmo-Mir-22-P2 Dpu-Mir-22-P2 Dsi-Mir-22-P2 Dya-Mir-22-P2 Esc-Mir-22-P2 Hme-Mir-22-P2 Isc-Mir-22-P2 Lan-Mir-22-P2 Lgi-Mir-22-P2 Lpo-Mir-22-P2a Lpo-Mir-22-P2b Lpo-Mir-22-P2c Lpo-Mir-22-P2d Npo-Mir-22-P2 Ovu-Mir-22-P2 Pfl-Mir-22-o2 Pmi-Mir-22-o2 Sko-Mir-22-o2 Tca-Mir-22-P2-v1 Tca-Mir-22-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Ambulacraria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000002.1: 1772828-1772896 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGGAUAGACCUGUAAUAUCCAGUCUAUAUACGCUUCAUCUGCAUGCUGAUAUGUAAAUGUUGAGAUUCAAUGACUAUCAGCUGCCCGGUGAAGUGUAUAGAAACUGGUAACAUGCAUCAAGACUUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGGAUAGACCUGUAAUAU-- CUA U-| U UGUAAAUGUUG CCAGU UAUACGCUUCAUC GCA GCUGAUA \ GGUCA AUAUGUGAAGUGG CGU CGACUAU A CUCUUCAGAACUACGUACAAU AAG CC^ - CAGUAACUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | It is unclear if this paralogue group represents the ancestral Mir-22-P2 gene that is seed shifted or a new paralogue derived from the ancestral P1 gene. It is also unclear if this gene is orthologous to the Mir-22-o1 gene in Branchiostoma and Xenoturbella. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Spu-Mir-22-o2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGCUUCAUCUGCAUGCUGAUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Spu-Mir-22-o2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- UCAGCUGCCCGGUGAAGUGUAU -69
Get sequence
|