MirGeneDB ID | Lpo-Mir-22-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-22-P2a Lpo-Mir-22-P2b Lpo-Mir-22-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-22-P2 Asu-Mir-22-P2 Bge-Mir-22-P2 Cbr-Mir-22-P2-v1 Cbr-Mir-22-P2-v2 Cel-Mir-22-P2 Cgi-Mir-22-P2 Csc-Mir-22-P2 Cte-Mir-22-P2 Dan-Mir-22-P2 Dma-Mir-22-P2 Dme-Mir-22-P2 Dmo-Mir-22-P2 Dpu-Mir-22-P2 Dsi-Mir-22-P2 Dya-Mir-22-P2 Esc-Mir-22-P2 Hme-Mir-22-P2 Isc-Mir-22-P2 Lan-Mir-22-P2 Lgi-Mir-22-P2 Npo-Mir-22-P2 Ovu-Mir-22-P2 Pfl-Mir-22-o2 Pmi-Mir-22-o2 Sko-Mir-22-o2 Spu-Mir-22-o2 Tca-Mir-22-P2-v1 Tca-Mir-22-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666234.1: 297414-297471 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAGAAACUGUUAACACUUCUGGUAGUAUAGCCCUUCACUGGGAAGCUGGCUUGCUUUGGAAGGCAAGCUGCCCAGUGAAGGGCUGUUCUAUUUUGGAAUUAACACCCCAACCAUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAAGAAACUGUUAACAC --| U A G UUGCU UUCU GGUAG AUAGCCCUUCACUGGG AGCU GC U AAGG UUAUC UGUCGGGAAGUGACCC UCGA CG U ACUACCAACCCCACAAUU UU^ U G A GAAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lpo-Mir-22-P2d_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCCUUCACUGGGAAGCUGGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lpo-Mir-22-P2d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AAGCUGCCCAGUGAAGGGCUGU -58
Get sequence
|