| MirGeneDB ID | Spu-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | spu-mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Mir-210-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000018.1: 27105558-27105624 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-210-v2) |
Mir-210-v1
AAGJ06000018.1: 27105558-27105624 [+]
Ensembl
Mir-210-v2 AAGJ06000018.1: 27105558-27105624 [+] Ensembl |
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| Variant | Spu-Mir-210-v2 |
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| Seed | UUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCUUAUCAACAUACCCAGCUCUCUCGUUAGUUGCUGUCACGCGGCACAAGAGAGCAAUCAUGUCUAUACACUCUUGUGCGUGCGACAGCGACUGAUACAGGGCUCCCUUUCAUCUGUGUUUACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCCUUAUCAACAUACCC---| CUC A G AGCAAUCA AGCUCU GUUAGUUGCUGUC CGCG CACAAGAG U UCGGGA UAGUCAGCGACAG GUGC GUGUUCUC G ACCAUUUGUGUCUACUUUCCC^ CA- C - ACAUAUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Spu-Mir-210-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGCUGUCACGCGGCACAAGAG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Spu-Mir-210-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CUUGUGCGUGCGACAGCGACUGA -67
Get sequence
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| Variant | Spu-Mir-210-v1 |
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| Seed | UGUGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCUUAUCAACAUACCCAGCUCUCUCGUUAGUUGCUGUCACGCGGCACAAGAGAGCAAUCAUGUCUAUACACUCUUGUGCGUGCGACAGCGACUGAUACAGGGCUCCCUUUCAUCUGUGUUUACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCCUUAUCAACAUACCC---| CUC A G GAGCAAUCA AGCUCU GUUAGUUGCUGUC CGCG CACAAGA U UCGGGA UAGUCAGCGACAG GUGC GUGUUCU G ACCAUUUGUGUCUACUUUCCC^ CA- C - CACAUAUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Spu-Mir-210-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGCUGUCACGCGGCACAAGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Spu-Mir-210-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UUGUGCGUGCGACAGCGACUGA -67
Get sequence
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