| MirGeneDB ID | Pmi-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pmi-mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pmi-Mir-210-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pmin1) |
JH770142.1: 76062-76127 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-210-v2) |
Mir-210-v1
JH770142.1: 76062-76127 [+]
Mir-210-v2 JH770142.1: 76062-76127 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Pmi-Mir-210-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGAGCCCCGCCGAGUGCUGUGGACAUAAGUCACUGUCACGCGGCGCAAAGAGUGCUUCUCCGUCAAUUCUCUUGUGCGUGCGACAGCGACUGAUGUGUGCCGGCAAAAUUCAUCCAAAUAUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGCGAGCCCCGCCGAG- -| G A A A G A UGCUUCU UGCU GUG ACAU AGUC CUGUC CGCG CGCAA GAG C ACGG CGU UGUA UCAG GACAG GUGC GUGUU CUC C UCUAUAAACCUACUUAAA C^ G G C C - - UUAACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pmi-Mir-210-v2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCACUGUCACGCGGCGCAAAGAG -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pmi-Mir-210-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0032167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CUUGUGCGUGCGACAGCGACUGA -66
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Pmi-Mir-210-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGAGCCCCGCCGAGUGCUGUGGACAUAAGUCACUGUCACGCGGCGCAAAGAGUGCUUCUCCGUCAAUUCUCUUGUGCGUGCGACAGCGACUGAUGUGUGCCGGCAAAAUUCAUCCAAAUAUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGCGAGCCCCGCCGAG- -| G A A A G A GUGCUUCU UGCU GUG ACAU AGUC CUGUC CGCG CGCAA GA C ACGG CGU UGUA UCAG GACAG GUGC GUGUU CU C UCUAUAAACCUACUUAAA C^ G G C C - - CUUAACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pmi-Mir-210-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCACUGUCACGCGGCGCAAAGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pmi-Mir-210-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0032167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUGUGCGUGCGACAGCGACUGA -66
Get sequence
|
