| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ofu-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P1 Eba-Mir-1990-P1 Efe-Mir-1990-o1 Efe-Mir-1990-P1 Lan-Mir-1990-P1 Pdu-Mir-1990-P1 War-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000006.1: 29792074-29792131 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P1) |
Mir-1986
CAIIXF020000006.1: 29788995-29789048 [-]
Mir-1990-P2 CAIIXF020000006.1: 29791317-29791373 [-] Mir-2692 CAIIXF020000006.1: 29791862-29791922 [-] Mir-1990-P1 CAIIXF020000006.1: 29792074-29792131 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAAAUUGUUAUUUGGUGGAUAACAUGUAAGUUGACGUAGUCCCAGGGUUGUCUUUUUCACAACUGGAGAUUACGCCAGCUUGUCUGUUGUGCGCCUCAACCAACCGGACAAUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAUAAAUUGUUAUUU-- G UG A -| GGUUGUCU GGUG AUAACA UAAGUUG CGUAGUC CCAG \ CCGC UGUUGU GUUCGAC GCAUUAG GGUC U UCUAACAGGCCAACCAACU G CU C A^ AACACUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ofu-Mir-1990-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUUGACGUAGUCCCAGGGUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ofu-Mir-1990-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUGGAGAUUACGCCAGCUUGUC -58
Get sequence
|
