| MirGeneDB ID | Eba-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Epimenia (Solenogaster) (Epimenia babai) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eba-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P1 Efe-Mir-1990-o1 Efe-Mir-1990-P1 Lan-Mir-1990-P1 Ofu-Mir-1990-P1 Pdu-Mir-1990-P1 War-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011762755.2_ASM1176275v2_Epimenia) |
WURV02000011.1: 17965-18024 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P1) |
Mir-1990-P1
WURV02000011.1: 17965-18024 [+]
Ensembl
Mir-1990-P2 WURV02000011.1: 21216-21272 [+] Ensembl Mir-1986 WURV02000011.1: 22172-22228 [+] Ensembl |
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| Seed | CGGGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCGAUGGUAUAUAAAAGCCUGGCCGGACUGUAAAUUGACAUAGUCCCUGGGUGUGUUCAGAAGACUCGGGACUGCGUCAAUUUAUGGGUUGGUCGACGGCUGACGUCGAAGCAGAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUCGAUGGUAUAUAAAA --| GA A U GUGUU GCC UGGCCG CUGUAAAUUGAC UAGUCCC GGGU \ CGG GCUGGU GGUAUUUAACUG GUCAGGG CUCA C CGAAGACGAAGCUGCAGU CA^ UG C - GAAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eba-Mir-1990-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAAUUGACAUAGUCCCUGGGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Eba-Mir-1990-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGGGACUGCGUCAAUUUAUGGG -60
Get sequence
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