| MirGeneDB ID | Eba-Mir-1990-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1990 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Epimenia (Solenogaster) (Epimenia babai) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eba-Mir-1990-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P1 Efe-Mir-1990-o1 Efe-Mir-1990-P1 Lan-Mir-1990-P1 Ofu-Mir-1990-P1 Pdu-Mir-1990-P1 War-Mir-1990-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011762755.2_ASM1176275v2_Epimenia) |
WURV02000011.1: 17965-18024 [+] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P1) |
Mir-1990-P1
WURV02000011.1: 17965-18024 [+]
Ensembl
Mir-1990-P2 WURV02000011.1: 21216-21272 [+] Ensembl Mir-1986 WURV02000011.1: 22172-22228 [+] Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGGGACU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCGAUGGUAUAUAAAAGCCUGGCCGGACUGUAAAUUGACAUAGUCCCUGGGUGUGUUCAGAAGACUCGGGACUGCGUCAAUUUAUGGGUUGGUCGACGGCUGACGUCGAAGCAGAAGCGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUCGAUGGUAUAUAAAA --| GA A U GUGUU GCC UGGCCG CUGUAAAUUGAC UAGUCCC GGGU \ CGG GCUGGU GGUAUUUAACUG GUCAGGG CUCA C CGAAGACGAAGCUGCAGU CA^ UG C - GAAGA . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Eba-Mir-1990-P1_5p* |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAAUUGACAUAGUCCCUGGGU -24
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Eba-Mir-1990-P1_3p |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGGGACUGCGUCAAUUUAUGGG -60
Get sequence
|
