| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-345 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-345-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-345 Cfa-Mir-345 Cja-Mir-345 Cpo-Mir-345 Dno-Mir-345 Eca-Mir-345 Ete-Mir-345 Hsa-Mir-345 Mml-Mir-345 Mmr-Mir-345 Pab-Mir-345 Rno-Mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 108836988-108837046 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-345-v2) |
Mir-345-v1
chr12: 108836988-108837046 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-345-v2 chr12: 108836988-108837046 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-345-v2 |
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| Seed | CUGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCGUGAAGCCGACACCCAAGUCCAGGCCUGCUGACCCCUAGUCCAGUGCUUGUGGUGGCUACUGGGCCCUGAACUAGGGGUCUGGAGACCUGGGUUUGAUCUCCACAGGCUUUGAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCGUGAAGCCGACACC-| GU C G - C U UUGUGGU CAA CCAGG CU CU GACCCCUAGU CAG GC G GUU GGUCC GA GG CUGGGGAUCA GUC CG G UGAGUUUCGGACACCUCUA^ UG A - U A C GGUCAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-345-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGACCCCUAGUCCAGUGC -21
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000595 miRDB: MIMAT0000595 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-345-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCUGAACUAGGGGUCUGGAG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004656 miRDB: MIMAT0004656 |
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| Variant | Mmu-Mir-345-v1 |
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| Seed | CCUGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCGUGAAGCCGACACCCAAGUCCAGGCCUGCUGACCCCUAGUCCAGUGCUUGUGGUGGCUACUGGGCCCUGAACUAGGGGUCUGGAGACCUGGGUUUGAUCUCCACAGGCUUUGAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCGUGAAGCCGACACC-| GU C G - C U UGUGGU CAA CCAGG CU CU GACCCCUAGU CAG GCU G GUU GGUCC GA GG CUGGGGAUCA GUC CGG G UGAGUUUCGGACACCUCUA^ UG A - U A C GUCAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-345-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGACCCCUAGUCCAGUGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000595 miRDB: MIMAT0000595 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-345-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCCUGAACUAGGGGUCUGGAG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004656 miRDB: MIMAT0004656 |
