| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-541 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-541 Cja-Mir-541 Cpo-Mir-541 Dno-Mir-541 Eca-Mir-541 Ete-Mir-541 Hsa-Mir-541 Laf-Mir-541 Mml-Mir-541 Mmu-Mir-541 Ocu-Mir-541 Pab-Mir-541 Rno-Mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007663.1: 12758520-12758585 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-541) |
Mir-154-P1
CM007663.1: 12718303-12718361 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 CM007663.1: 12719569-12719626 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 CM007663.1: 12719570-12719625 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 CM007663.1: 12720026-12720080 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 CM007663.1: 12720027-12720079 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P37 CM007663.1: 12721366-12721423 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 CM007663.1: 12721763-12721818 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 CM007663.1: 12721925-12721980 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 CM007663.1: 12721925-12721980 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 CM007663.1: 12722219-12722276 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a CM007663.1: 12722967-12723025 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b CM007663.1: 12723284-12723341 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 CM007663.1: 12725475-12725530 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 CM007663.1: 12725895-12725951 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 CM007663.1: 12727838-12727894 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 CM007663.1: 12729563-12729620 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 CM007663.1: 12733939-12733996 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 CM007663.1: 12734266-12734323 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 CM007663.1: 12734651-12734708 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 CM007663.1: 12734778-12734832 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 CM007663.1: 12735002-12735059 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 CM007663.1: 12735323-12735380 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16 CM007663.1: 12737194-12737253 [+] UCSC Ensembl Novel-1 CM007663.1: 12738931-12738989 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM007663.1: 12739835-12739897 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 CM007663.1: 12740364-12740421 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 CM007663.1: 12741825-12741884 [+] UCSC Ensembl Mir-544 CM007663.1: 12742576-12742632 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 CM007663.1: 12743455-12743514 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM007663.1: 12745610-12745663 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 CM007663.1: 12746050-12746107 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 CM007663.1: 12748064-12748121 [+] UCSC Ensembl Mir-134 CM007663.1: 12748440-12748499 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 CM007663.1: 12749203-12749261 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b CM007663.1: 12750026-12750082 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 CM007663.1: 12753864-12753921 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 CM007663.1: 12755051-12755104 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 CM007663.1: 12756506-12756565 [+] UCSC Ensembl Mir-541 CM007663.1: 12758520-12758585 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM007663.1: 12759249-12759302 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 CM007663.1: 12759397-12759451 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 CM007663.1: 12759536-12759591 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM007663.1: 12759838-12759893 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6c CM007663.1: 12760342-12760397 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 CM007663.1: 12760563-12760618 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGACUGAGAACUCAUGCCAACGUCAGGGAAAGGAUUCUGCUGUCGGUCCCACUCCAAAGUUGAUAAAAUGGGUGGUGGGCACAGAAUCCAGACUCUGCUUGUGGCAUAUGUCGUCGGGUCCCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGACUGAGAACUCAU--| ACGU AAA C G UC CCAAAGUU GCCA CAGGG GGAUUCUG UGUC G CCACU \ CGGU GUCUC CCUAAGAC ACGG U GGUGG G GUCCCUGGGCUGCUGUAUA^ GUUC AGA - G -- GUAAAAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Mir-541_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGGAUUCUGCUGUCGGUCCCACU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Mir-541_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGGUGGGCACAGAAUCCAGACU -66
Get sequence
|
