| MirGeneDB ID | Dno-Mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-541 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-541 Cja-Mir-541 Cpo-Mir-541 Eca-Mir-541 Ete-Mir-541 Hsa-Mir-541 Laf-Mir-541 Mml-Mir-541 Mmr-Mir-541 Mmu-Mir-541 Ocu-Mir-541 Pab-Mir-541 Rno-Mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH578221: 164635-164700 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-541) |
Mir-154-P1
JH578221: 124581-124639 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 JH578221: 125808-125865 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 JH578221: 125809-125864 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 JH578221: 126266-126320 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 JH578221: 126267-126319 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 JH578221: 127474-127530 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 JH578221: 128018-128073 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 JH578221: 128180-128235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 JH578221: 128180-128235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 JH578221: 128465-128522 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b JH578221: 129181-129240 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a JH578221: 129500-129559 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 JH578221: 131208-131263 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 JH578221: 131614-131668 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 JH578221: 133458-133515 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 JH578221: 135322-135379 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P13 JH578221: 136472-136529 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 JH578221: 141304-141361 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 JH578221: 141458-141514 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 JH578221: 141684-141741 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 JH578221: 142061-142118 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16c JH578221: 143797-143856 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16d JH578221: 145223-145280 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 JH578221: 146722-146784 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 JH578221: 147235-147292 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 JH578221: 147994-148057 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 JH578221: 148479-148537 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 JH578221: 152174-152227 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 JH578221: 152628-152685 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 JH578221: 155333-155390 [+] UCSC Ensembl Mir-134 JH578221: 155647-155706 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 JH578221: 156384-156442 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b JH578221: 157215-157271 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 JH578221: 160400-160457 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 JH578221: 160728-160788 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v2 JH578221: 161286-161341 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v1 JH578221: 161287-161340 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 JH578221: 162674-162733 [+] UCSC Ensembl Mir-541 JH578221: 164635-164700 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 JH578221: 165418-165471 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 JH578221: 165559-165614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 JH578221: 165682-165737 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 JH578221: 165975-166030 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 JH578221: 166555-166610 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCUCUCCGAACUCAUGCCGACGUCAGGGAAAGGAUUCUGCUGUCGGUCCCACUCCAAAGUUUGCAAAAUGGGUGGUGGGCACAGAAUCCAGACUCUGCUGUGGCAUAUGUCACCUGGUCCUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCUCUCCGAACUCAU---| G U AAA C G UC CCAAAGUU GCC ACG CAGGG GGAUUCUG UGUC G CCACU \ CGG UGU GUCUC CCUAAGAC ACGG U GGUGG U AGGUCCUGGUCCACUGUAUA^ - C AGA - G -- GUAAAACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-541_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047967 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGGAUUCUGCUGUCGGUCCCACU -25
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-541_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGGUGGGCACAGAAUCCAGACU -66
Get sequence
|
