| MirGeneDB ID | Llo-Mir-92-o127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Llo-Mir-92-o126 Llo-Mir-92-o128 Llo-Mir-92-o129 Llo-Mir-92-o130 Llo-Mir-92-o131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU343005.1: 13162175-13162233 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o127) |
Mir-92-o126
OU343005.1: 13161856-13161915 [+]
Ensembl
Mir-92-o127 OU343005.1: 13162175-13162233 [+] Ensembl Mir-92-o128 OU343005.1: 13162433-13162490 [+] Ensembl Mir-92-o129 OU343005.1: 13162806-13162859 [+] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACUGAAUGACCUCAUGGCUUUGUUGAACAGGUCGUAACGGGAUGCAACUUUUGUCUUCACUUGCAAAUUGCACUCGUCCCGGCCUGCAGGUCGUAACGGGAUGCAACUUUUGUCUUCACUUGCAAAUUGCACUCGUCCCGGCCUGCUUAACACAAGUCCCUUUCACAAACUGCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGACUGAAUGACCUCAU- -| ACAGGUCGUAACGGGAUGCAACUUUUGUCU GGCUU UGUUGA \ CUGAA ACAAUU U GUCCGUCAAACACUUUCC C^ CGUCCGGCCCUGCUCACGUUAAACGUUCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Llo-Mir-92-o127_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUUGCACUCGUCCCGGCCUGC -59
Get sequence
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| Star sequence | Llo-Mir-92-o127_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGUAACGGGAUGCAACUUU -23
Get sequence
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