| MirGeneDB ID | Laf-Mir-133-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-133-P1-v1 Laf-Mir-133-P2 Laf-Mir-133-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P3-v1 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P3-v1 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Bta-Mir-133-P3-v1 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cfa-Mir-133-P3-v1 Cin-Mir-133 Cja-Mir-133-P3 Cli-Mir-133-P3-v1 Cmi-Mir-133-P3-v1 Cpi-Mir-133-P3-v1 Cpo-Mir-133-P3-v1 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dno-Mir-133-P3-v1 Dpu-Mir-133 Dre-Mir-133-P3-v1 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Eca-Mir-133-P3-v1 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Ete-Mir-133-P3-v1 Gga-Mir-133-P3-v1 Gja-Mir-133-P3-v1 Gmo-Mir-133-P3-v1 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Hsa-Mir-133-P3-v1 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P3 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Loc-Mir-133-P3-v1 Mal-Mir-133-P3-v1 Mdo-Mir-133-P3-v1 Mgi-Mir-133 Mml-Mir-133-P3-v1 Mmr-Mir-133-P3-v1 Mmu-Mir-133-P3-v1 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P3-v1 Neu-Mir-133-P3-v1 Oan-Mir-133-P3-v1 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pab-Mir-133-P3 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P3-v1 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pma-Mir-133-o3-v1 Pve-Mir-133 Rno-Mir-133-P3-v1 Rph-Mir-133 Sha-Mir-133-P3-v1 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P3 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P3-v1 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P3-v1 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P3a-v1 Xla-Mir-133-P3b-v1 Xtr-Mir-133-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010148.1: 1581028-1581087 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P3-v2) |
Mir-133-P3-v1
GL010148.1: 1581028-1581087 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P3-v2 GL010148.1: 1581028-1581087 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P3 GL010148.1: 1592564-1592624 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-133-P3-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCAGACCAGGAGCCAGAUGCUUUGCUAGAGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUCAACUGUGCGAAGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGCUGUGCAUUGAUUGCGCCGCUCGGCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCAGACCAGGAGCCA--| UUU G AA U A CAACUG GAUGC GCUA AGCUGGU AA GG ACCAAAU U UUACG CGAU UCGACCA UU CC UGGUUUA G GUCCGGCUCGCCGCGUUAG^ UGU G AC C C GGAAGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-133-P3-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAAAUGGAACCAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-133-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-133-P3-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCAGACCAGGAGCCAGAUGCUUUGCUAGAGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUCAACUGUGCGAAGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGCUGUGCAUUGAUUGCGCCGCUCGGCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCAGACCAGGAGCCA--| UUU G AA U A AACUG GAUGC GCUA AGCUGGU AA GG ACCAAAUC U UUACG CGAU UCGACCA UU CC UGGUUUAG G GUCCGGCUCGCCGCGUUAG^ UGU G AC C C GAAGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-133-P3-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-133-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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