MirGeneDB ID | Gsa-Mir-124-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Russian doll killer (Gyrodactylus salaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gsa-mir-124a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gsa-Mir-124-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-124 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Cel-Mir-124 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dpu-Mir-124 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Ebu-Mir-124-P6-v1 Esc-Mir-124 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Isc-Mir-124 Lan-Mir-124 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Mgi-Mir-124 Mom-Mir-124 Npo-Mir-124 Obi-Mir-124 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pau-Mir-124 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Tca-Mir-124 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. salaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (gyrodactylus_salaris.PRJNA244375.WBPS19.genomic) |
scf7180006948914: 6447-6516 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAUUUGGAAAGGAUGAACUAUAGAUCUGGUAUUUUCCACGAAGUCUUAGGAAGUUGAAAAAUAAAAUAUUUAACUUAAGGCACGCGGUGAAUACCAAAGCUAUCAUCUUAAACUACCUUGUAACUAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGAUUUGGAAAGGAU---| ACU AUC U A AA AAGUUGAAAAA GA AUAG UGGUAUUU CC CG GUCUUAGG \ CU UAUC ACCAUAAG GG GC CGGAAUUC U UAUCAAUGUUCCAUCAAAUU^ AC- GAA U C A- AAUUUAUAAAA . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gsa-Mir-124-o6_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0035274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUAUUUUCCACGAAGUCUUAGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gsa-Mir-124-o6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0035275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- UAAGGCACGCGGUGAAUACCAA -70
Get sequence
|