| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-29-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gpa-Mir-29-P1 Gpa-Mir-29-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P2h Aga-Mir-29-P2h Agr-Mir-29-P2 Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bge-Mir-29-P2h Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dan-Mir-29-P2h Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dme-Mir-29-P2h Dmo-Mir-29-P2h Dpu-Mir-29-P2 Dsi-Mir-29-P2h Dya-Mir-29-P2h Eba-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P2h Hru-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Mgi-Mir-29-P2 Mom-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pau-Mir-29-P2 Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rph-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spu-Mir-29-P2 Tca-Mir-29-P2h War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold391: 34785-34867 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2h) |
Mir-29-P2h
Scaffold391: 34785-34867 [-]
Ensembl
Mir-2-P7 Scaffold391: 37678-37806 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAAAACUUUAAAAAUAAUUCAUUUUAGAACUGAAUUCUCGUGGGUCUGCAUAGCAUACCAUAUAUCGUGUGUACAGUAAUUGAAAAUUUGUAGCACCAUGAGAUUCAGCUCUGGCAUGAAUUUCAAUGCACACCACCACCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AGAAAAACUUUAAAAAU--| U A U GU UAGCAUACCAUAUAUCGU AAUUCAU UUAGA CUGAAU CUCGUGG CUGCA G UUAAGUA GGUCU GACUUA GAGUACC GAUGU U ACCACCACCACACGUAACU^ C C - AC UUAAAAGUUAAUGACAUG 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gpa-Mir-29-P2h_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGAAUUCUCGUGGGUCUGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gpa-Mir-29-P2h_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
62- UAGCACCAUGAGAUUCAGCUC -83
Get sequence
|
