| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-29-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P2h Aga-Mir-29-P2h Agr-Mir-29-P2 Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bge-Mir-29-P2h Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dan-Mir-29-P2h Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dme-Mir-29-P2h Dpu-Mir-29-P2 Dsi-Mir-29-P2h Dya-Mir-29-P2h Eba-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Gpa-Mir-29-P2h Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P2h Hru-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Mgi-Mir-29-P2 Mom-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pau-Mir-29-P2 Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rph-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spu-Mir-29-P2 Tca-Mir-29-P2h War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 1739281-1739376 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2h) |
Mir-29-P2h
scaffold_6540: 1739281-1739376 [-]
Ensembl
Mir-2-P7 scaffold_6540: 1740130-1740196 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGAUACCAUUAAAAAAUUCAUUUUGGAACUGAAUUCUCGUGGGUCUGCAGUGCACUGUAACCGUUGCAGAGGGCAAUUGUUCAAAUUGAAAUUGAAAUUUUGUAGCACCAUGAGAUUCAGCUCUGGCGUGAGUUUCAAACAUGCAUUCACCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AAUGGAUACCAUUAAAA--| U UG A U GU GUGCACUGUAACCGUUGCAGAGGGC AAUUCAU U GA CUGAAU CUCGUGG CUGCA \ UUGAGUG G CU GACUUA GAGUACC GAUGU A AACCACUUACGUACAAACU^ C GU C - AC UUUAAAGUUAAAGUUAAACUUGUUA 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dmo-Mir-29-P2h_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGAAUUCUCGUGGGUCUGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dmo-Mir-29-P2h_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
75- UAGCACCAUGAGAUUCAGCUC -96
Get sequence
|
