| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-140-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-140-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-140-P2-v1 Ami-Mir-140-P2-v1 Bta-Mir-140-P2-v1 Cfa-Mir-140-P2-v1 Cja-Mir-140-P2-v1 Cli-Mir-140-P2-v1 Cmi-Mir-140-P2-v1 Cpi-Mir-140-P2-v1 Cpo-Mir-140-P2-v1 Dno-Mir-140-P2-v1 Dre-Mir-140-P2-v1 Eca-Mir-140-P2-v1 Ete-Mir-140-P2-v1 Gga-Mir-140-P2-v1 Gja-Mir-140-P2-v1 Hsa-Mir-140-P2-v1 Lch-Mir-140-P2 Loc-Mir-140-P2-v1 Mal-Mir-140-P2-v1 Mdo-Mir-140-P2-v1 Mml-Mir-140-P2-v1 Mmr-Mir-140-P2-v1 Mmu-Mir-140-P2-v1 Mun-Mir-140-P2-v1 Neu-Mir-140-P2-v1 Oan-Mir-140-P2-v1 Ocu-Mir-140-P2-v1 Pab-Mir-140-P2-v1 Pma-Mir-140-o2 Rno-Mir-140-P2-v1 Sha-Mir-140-P2-v1 Spt-Mir-140-P2 Sto-Mir-140-P2-v1 Tgu-Mir-140-P2-v1 Tni-Mir-140-P2-v1 Xla-Mir-140-P2a-v1 Xla-Mir-140-P2b-v1 Xtr-Mir-140-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_497: 168347-168408 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P2-v2) |
Mir-140-P2-v1
GeneScaffold_497: 168347-168408 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P2-v2 GeneScaffold_497: 168347-168408 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-140-P2-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUUGUGUGUCUGUCUCCGGCGUCGCGUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUGACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUGUCGAGGGGUGUCUCCGUCCGUUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCAUUGUGUGUCUGUCUC--| GC A A UGACGU CGGCGUC GUC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C GCUGUAG CAG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A CCUUGCCUGCCUCUGUGGGGA^ GA G C UGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-140-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-140-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-140-P2-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUUGUGUGUCUGUCUCCGGCGUCGCGUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUGACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUGUCGAGGGGUGUCUCCGUCCGUUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCAUUGUGUGUCUGUCUC--| GC A A GUGACGU CGGCGUC GUC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C GCUGUAG CAG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A CCUUGCCUGCCUCUGUGGGGA^ GA G C UUGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-140-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-140-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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