| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-101-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-101a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-101-P1-v1 Gmo-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v1 Cpo-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v1 Eca-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v1 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v1 Spt-Mir-101-P1c Spt-Mir-101-P1d Sto-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P1-v1 Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xtr-Mir-101-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1472: 99850-99906 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P1-v2) |
Mir-101-P1-v1
GeneScaffold_1472: 99849-99907 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P1-v2 GeneScaffold_1472: 99850-99906 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-101-P1-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGGCCAGAUUUGCCAGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUGCCCAUGGAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAUGAUGGUGGCCACCUUGACACUGGAUCAUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGGCCAGAUUUGCCA--| UG CUG A GUGCC GGC CC GUUCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU C CCG GG UAAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG A UUACUAGGUCACAGUUCCA^ GU UAG - AAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-101-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-101-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-101-P1-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAGGCCAGAUUUGCCAGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUGCCCAUGGAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAUGAUGGUGGCCACCUUGACACUGGAUCAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAGGCCAGAUUUGCCA--| UG CUG A GUGCC GGC CC GUUCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU C CCG GG UAAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG A GUUACUAGGUCACAGUUCCA^ GU UAG - AAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-101-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-101-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAU -59
Get sequence
|
